Kymotrypsin aktiveras i tarmen med hjälp av trypsin från kymotrypsinogen. Enzymet spjälkar protein (klyver bindningen till aromatiska aminosyror, till exempel fenylalanin), och blir aktivt i en miljö med pH 8,0. Kymotrypsin kan förekomma i kombinationer med andra proteaser och utvinns ur pankreas från nöt eller gris.